La mayoría de los quesos se salan en tinas de salmuera en donde se remojan durante un tiempo variable según el tipo de queso y temperatura de la salmuera.

Los quesos llamados maduros, como el queso manchego Flor de Alfalfa, se dejan un tiempo en cámaras de maduración a temperaturas entre 13 y 22°c, con humedad relativa entre 60 y 80% para que los microorganismos del cultivo sigan realizando la tarea de degradación en azucares restantes, hasta llegar al punto de maduración optimo para su venta.

Los quesos frescos en cambio, se venden de inmediato, sin pasar por procesos de maduración, como sucede con los quesos panela, oaxaca o ranchero de Flor de Alfalfa.

Una vez pasteurizada la leche del rancho La Hondonada, se le añade un cultivo especial, dependiendo de queso que se elabore. El cultivo es un agrupamiento de microorganismos (Estreptococos cremoris y lactis) que aumentan o inician el consumo de los azucares contenidos en la leche. Con ello se obtienen algunos cambios en el sabor olor y textura de la leche. El cultivo se coloca a una temperatura de 34°c y se incuba durante 20 minutos antes de cuajar.

Para cuajar la leche se añade cuajo a una temperatura de 32-38°c. El cuajo es una sustancia echa con encimas que desintegran a las proteínas (proteoliticas) que al entrar en contacto con la caseina (una proteína de la leche) la coagula y forma una gelatina constituida por la mayor parte de la proteína y grasa de la leche.

Una vez cuajada la leche se corta en cuadros de 1cm y se desuera, es decir, se escurre la parte de líquido de la leche que no se gelatiniza con el cuajo.

Posteriormente esa gelatina, llamada cuajada, se introduce en moldes y se prensa para terminar de extraer el suero.